Peu avant le 14 août, la date exacte est inconnue, Anna Seiler quitte le monde des vivants. L'« Hôpital en face des prédicateurs » situé à Berne dans la ruelle nommée aujourd'hui Zeughausgasse est appelé à partir de là « Hôpital Seiler ».

L'« hôpital Seiler » dispose déjà de 34 lits et déménage dans le couvent vacant des dominicaines à « Saint-Michel-en-l’Île ». C'est en raison de ce bâtiment, à la place duquel se trouve aujourd'hui le palais fédéral, que l'Inselspital fut nommé ainsi.

Le bâtiment de l'« Hôpital de l'île » est entièrement réduit en cendres par un incendie. Cinq ans plus tard, débute la reconstruction au même endroit.

Le nouveau « Spital » qui est inauguré « ressemble plus à un palais royal qu'à un hôpital ». Il permet d'accueillir 70 adultes et 12 enfants.

L'« Île » sert d'hôpital militaire principal aux troupes d'occupation françaises de l'empereur Napoléon et fait du coup défaut aux quelques 20.000 bernois et bernoises.

Le « Canton de Berne » s'approprie le patrimoine de l'« Île » qui perd par conséquent son indépendance. Cela étant, l'époque de l'utilisation comme hôpital militaire prend fin. L'hôpital peut à nouveau ouvrir ses portes à la population civile.

L'hôpital recouvre son autonomie. L'État de Berne consigne par écrit dans un « contrat de dotation » les droits et les devoirs respectifs. À partir de là, l'« Île » prend en charge la formation des étudiants en médecine et organise quotidiennement des « travaux pratiques » auxquelles participent « des praticiens et des rebouteux ».

L'« Île » est pleine à craquer et l'infrastructure ne suffit plus à répondre aux besoins des innombrables patients. En 1885, un nouvel hôpital avec 340 lits est établi sur le site « Kreuzmatt-Areal » mis à disposition par la Fondation. Assez rapidement, il est à nouveau archiplein. Le traitement des patients y a lieu gratuitement.

Une grande partie de l'édifice existant depuis 1884 est démolie. L'Inselspital acquiert son aspect actuel. C'est de cette époque que date le grand building avec une remarquable capacité d'hébergement (Bettenhochhaus), le bloc opératoire, les logements du personnel, le bâtiment annexe, le laboratoire et l'atelier de réparation ainsi que l'aile pour la policlinique 1 et la nouvelle unité pour enfants.

L'Inselspital se dote d'une nouvelle structure et s'aventure ainsi en terrain inconnu en Europe. L'hôpital est dorénavant administré avec l'objectif de faire du bénéfice. Les soins et les services médicaux font désormais l'objet d'une gestion globale.

Les près de 40 cliniques universitaires et instituts de l'Inselspital fusionnent pour devenir 9 départements partiellement autonomes. Les premiers à en profiter sont les patients, il y a une meilleure intégration des traitements entrainant une optimisation globale.

Plus de 200.000 patients sont soignés à l'Inselspital chaque année. Près de 6.000 employés se consacrent à garantir la meilleure qualité possible en médecine, pour les soins, l'enseignement et la recherche pour un fonctionnement optimal de cette « ville dans la ville ». 600 étudiants en médecine assistent chaque année à des cours. Plus de 1.000 personnes bénéficient d'une formation initiale ou continue dans le milieu de la santé. Des centaines de médecins se rendent chaque année à l'Inselspital pour s'y spécialiser.

Un nombre important d'experts de l'Inselspital participent à des projets internationaux de recherche et sont en contact  avec les principaux centres de recherche partout dans le monde.