Das Inselspital besteht aus den Direktionen: Direktionspräsidium, Ärztliche Direktion, Direktion Lehre und Forschung, Direktion Pflege/MTT, Direktion Dienste, Direktion Betrieb und Direktion Personal. Sie haben in ihrem Fachgebiet von der Spitalleitung übertragene Weisungskompetenzen sowohl gegenüber den anderen Direktionen wie auch gegenüber den Departementen resp. deren Kliniken und Instituten. 

Das Direktionspräsidium leitet den Prozess der strategischen Positionierung des Inselspitals, leitet die Entwicklung und Umsetzung von Managementinstrumenten, der strategischen Planung, des strategischen Controllings, des Risikomanagements und die Weiterentwicklung der Organisation des Gesamtspitals. Der Rechtsdienst Inselspital unterstützt in Rechtsfragen, die Fachstelle Kommunikation und Medien stellt die interne und externe Kommunikation sicher.

Der Direktionpräsident ist der Vorsitzende Spitalleitung und erweiterte Spitalleitung.  
Direktionspräsident des Inselspitals: Dr. oec. publ. Urs Birchler
Sekretariat: patrizia.gamboni(at)insel.ch

Die Ärztliche Direktion koordiniert die medizinischen Belange der Einheiten und Departemente des Inselspitals. Die Klinik- / Institutsdirektorinnen und –direktoren sind dem Ärztlichen Direktor unterstellt.
Ärztlicher Direktor: Prof. Dr. med. Andreas Tobler
Sekretariat: selina.troesch@no-spaminsel.ch 

Die Direktion Lehre und Forschung koordiniert Bildungs- und Forschungsangelegenheiten im Inselspital. Dies geschieht in enger Zusammenarbeit mit der Medizinischen Fakultät der Universität Bern.
Direktor Lehre und Forschung: Prof. Dr. med. Matthias Gugger
Sekretariat: kyriaki.dimopoulos(at)insel.ch

Der Direktor Pflege, medizinisch-technische und medizinisch-therapeutische Bereiche koordiniert sämtliche Anliegen der Mitarbeitenden der erwähnten Berufsgruppen am Inselspital.
Direktor Pflege/MTT: Ulrich von Allmen
Sekretariat: mirjam.graf(at)insel.ch

Die Direktion Betrieb ist zuständig für die Bereiche Areal + Gebäude, Technik + Sicherheit, Medizintechnik, Logistik, Hauswirtschaft und Gastronomie.
Direktor Betrieb: Bernhard Leu
Sekretariat: regina.lohri(at)insel.ch

Die Direktion Dienste ist zuständig für die Bereiche Finanzen & Controlling, Tarife & Verträge, Patientenmanagement und Informatik.
Direktor Dienste: Gerold Bolinger
Sekretariat: regula.rohrbach(at)insel.ch

Die Direktion Personal ist verantwortlich für ein umfassendes Personalmanagement nach Vorgaben der Unternehmensstrategie, stellt eine marktkonforme und wettbewerbsfähige Entlöhnung und Vorsorge sicher und vertritt das Inselspital bezüglich aller Personalfragen nach aussen, insbesondere was Arbeitgeber- und Arbeitnehmerorganisation betrifft.
Direktor Personal: Markus Lüdi
Sekretariat: gabriella.urben(at)insel.ch